Das Klima zeichnet sich durch milde, feuchte Winter (Mittelwerte oft zwischen 7 und 15 Grad Celsius) und heiße, trockene Sommer mit häufigen Tageshöchstwerten von 30-40 Grad Celsius aus. Im Winter kann gelegentlich auch Schnee fallen, doch meistens bleibt dieser in tiefen Lagen nicht liegen und die Kaltlufteinbrüche dauern selten länger als ein paar Tage an. In den Bergen nimmt die Sommertrockenheit mit der Höhe vor allem durch Gewitter meistens etwas bis deutlich ab. Insgesamt unterscheidet sich das Gebirgsklima von dem der Hochlagen Mitteleuropas vor allem durch eine deutlich stärkere Insolation und größere Trockenheit.
Küsten- und Dünengelände
Sanddünengelände in Meeresnähe und natürliche Küstenabschnitte sind zwei der am stärksten gefährdeten Habitattypen Europas. Überall (beispielsweise massiv an der französischen Côte d'Azur) wurden diese Lebensräume durch Verstädterung, Hotelbauten, Tourismusnutzung etwa auch als Badestrand und weitere Faktoren extrem zurückgedrängt. Typische Arten an Küsten sind etwa die Noctuide Brithys crini oder der Punktierte Wanderbär (Utetheisa pulchella).
Häufig finden sich in Küstennähe auch ziemlich bedrohte Feuchtgebiete wie Flußmündungen (Camargue) oder Lagunensümpfe etc. Diesen wird, auch wenn sie heute oft schon unter Schutz stehen, häufig durch Abgraben des Wassers für landwirtschaftliche Zwecke die Grundlage entzogen (z.B. in Spanien).
Immergrüne Hartlaubwälder
Die Vegetation Südeuropas besteht in tiefen Lagen natürlicherweise meist aus immergrünen, im Unterholz oft düsteren Waldbeständen, in denen hartblättrige Eichen (z.B. Steineiche: Quercus ilex, Korkeiche: Quercus suber, Kermeseiche: Quercus coccifera) vorherrschen. Viele dieser Bestände wurden aber durch den Menschen gerodet oder durch intensive Beweidung geschädigt und zur Macchia etc. degeneriert, mit Kiefern aufgeforstet oder gleich bebaut bzw. der landwirtschaftlichen Nutzung zugeführt. Daher sind solche Wälder heute oft nur noch in unzugänglicheren Gebieten erhalten geblieben. Während diese Gesellschaft am nördlichen Mittelmeer nur bis in Lagen um 500-600m NN vorkommt, erreicht sie weiter südlich (z.B. auf Sardinien) auch deutlich über 1200m NN. Typisch für diese Stufe sind zahlreiche Eichenbewohner z.B. unter den Noctuidae wie Dryobotodes sp. oder zahlreiche rote und gelbe Catocala-Arten.
Auf besonders armen oder trockenen Böden (z.B. Sand) kommen auch Pinienwälder in nennenswertem Umfang natürlich vor (z.B. Pinus pinea oder Pinus halepensis).
Macchia/Garigue
Diese Vegetationseinheiten kommen stellenweise auch natürlich vor, sind aber in den meisten Fällen durch eine Degradation des Hartlaubwaldes oder auch des submediterranen Eichenwaldes (Rodung, Brennholznutzung, Beweidung, Waldbrände) entstanden und bedecken so oft größere Flächen. Die Macchia besteht dabei aus höheren Gebüschen wie Baumheide (Erica arborea) oder Erdbeerbaum (Arbutus sp.) und auch noch Steineichen etc., während die Garigue mehr aus niedrigeren Sträuchern und Halbsträuchern wie Lamiaceae (Thymus, Lavandula, Rosmarinus), Cistus, Quercus coccifera und Ginster etc. bestehen. Zwischen beiden gibt es fließende Übergänge, auch sind sie oft miteinander verzahnt. In der Macchia leben beispielsweise oft Charaxes jasius und Gonepteryx-Arten, während in der Garigue eine Vielzahl von Tagfaltern vorkommt (z.B. Scolitantides baton und andere Bläulinge).
Trockenrasen, Steppenrasen, Weiden
An Stellen, an denen es auch für die Garigue zu trocken ist oder sekundär durch Beweidung kommen offene, grasreiche Steppenhabitate vor, in denen in niedrigen Lagen vor allem extreme Xerothermarten wie einige Satyrinae leben. Im Mittelgebirge (z.B. Akion-Gebirge in Nordgriechenland) können durch die Beweidung mit Schafen und Ziegen auch sehr großflächige, wertvolle und äußerst artenreiche Landschaften entstehen, die dort mit Flaumeichenwaldresten und Trockengebüsch wie Schlehen und dem beweidungsfesten Strauch Paliurus spina-christi (Rhamnaceae) durchsetzt sind. Solche Habitate bieten einer unglaublich vielfältigen Fauna Lebensraum (sowohl Heuschrecken als auch Schmetterlinge). Als einige wenige Beispiele seien Hyles nicaea (vor allem in Südfrankreich) oder Bärenspinner wie Arctia festiva oder der Dickkopffalter Pyrgus cinarae genannt.
Bei zu intensiver Beweidung (Überweidung) verarmen diese Lebensräume jedoch sehr rasch, etwas langsamer und mit vorübergehendem Abundanzmaximum einiger Tierarten hingegen bei Beweidungsaufgabe. Somit ist eine geeignete Beweidungsintensität die wichtigste Voraussetzung für den Erhalt dieser Landschaften.
Submediterrane (supramediterrane) Stufe
Oberhalb der immergrünen Hartlaubwälder kommen meist lichte Wälder mit sommergrünen Eichen (Quercus pubescens, lokal auch andere Arten wie Quercus frainetto oder Quercus cerris) und anderen Bäumen (Ostrya carpinifolia, Acer-Arten) vor. Diese sind vor allem in Übergängen zur Macchia/Garigue oder an flachgründigen Stellen meist äußerst artenreich, da sich hier viele Gehölzarten mit solchen der Trockenrasen und Säume treffen und meist günstige klimatische Voraussetzungen herrschen.
Gebirge
In den Gebirgen kommen oberhalb der submediterranen Stufe je nach lokalen klimatischen Voraussetzungen teilweise an Mitteleuropa erinnernde Buchenwälder (Fagion) vor, so beispielsweise auf dem Balkan (etwa Olymp-Ostseite) oder aber unterschiedliche Nadelwälder aus Tannen (Abies), Zedern und Kiefern (z.B. Pinus nigra und Pinus heldreichii am Olymp). In vielen Gebieten wurden diese Waldgesellschaften in großflächige Weidegebiete umgewandelt. Zu diesen kommen in den Hochlagen oberhalb 2300m NN natürlich offene Gebirgswiesen, Felshänge und andere auch in den mitteleuropäischen Alpen auftretenden Lebensräume. Durch die größere Trockenheit und Insolation finden sich in den südeuropäischen Gebirgen aber vergleichsweise viele sogenannte Xeromontanarten (z.B. einige Hadena-Arten wie Hadena vulcanica).
Wie bereits erwähnt sind insbesondere die Küsten und die niedrig gelegenen Lebensräume durch Überbauung und Tourismus gefährdet, aber auch die immer intensivere Landwirtschaft (EU-Förderung!), die zunehmend auch Garigues unter den Pflug nimmt. Ein ganz abschreckendes Beispiel für intensive Landwirtschaft sind Teile Spaniens (z.B. Andalusien: riesige, intensive Olivenplantagen, Obst und Gemüse). Dazu kommt stellenweise eine massive Überweidung (z.B. auf Kreta durch Ziegen) und eine zunehmende Waldbrandgefahr (teilweise auch vorsätzliche Legung von Feuern zur Baulandgewinnung etc.), die den noch vorhandenen Hartlaubwäldern (die ja schon seit der Antike dezimiert wurden), aber auch reicheren Garigues nach wie vor zusetzt. Eine neue Gefahr ist der Flächenverbrauch durch Solarparks, die immer mehr wie Pilze aus dem Boden schießen und bei denen es sicher massive Bestrebungen gibt, sie in bislang wirtschaftlich wertlosem Gelände anzulegen.
In den höheren Lagen ist die Gefährdung wie üblich etwas geringer und beruht auf Faktoren wie Überweidung, aber auch Beweidungsaufgabe oder Skitourismus und der damit verbundenen Infrastruktur (in Griechenland beispielsweise am Parnaß oder Phalakron). Zukünftig wird in Südeuropa (sicher im Gegensatz zu Nordafrika) von der Beweidungsaufgabe zumindest gebietsweise (etwa in Südfrankreich) eine große Gefahr für viele derzeit noch offenen Trockenrasengebiete ausgehen.
Insgesamt muss jedoch betont werden, dass insbesondere abseits der Küsten in Südeuropa noch wesentlich mehr Natur vorhanden ist als im noch dichter besiedelten Mitteleuropa!